ನ್ಯಾಟ್ ಮೆಡ್ | ಸಂಯೋಜಿತ ಗೆಡ್ಡೆಯನ್ನು ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮಾಡಲು ಬಹು-ಆಮಿಕ್ಸ್ ವಿಧಾನ

ನ್ಯಾಟ್ ಮೆಡ್ | ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನ ಸಂಯೋಜಿತ ಗೆಡ್ಡೆ, ರೋಗನಿರೋಧಕ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಭೂದೃಶ್ಯವನ್ನು ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮಾಡುವ ಬಹು-ಓಮಿಕ್ಸ್ ವಿಧಾನವು ರೋಗನಿರೋಧಕ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯೊಂದಿಗೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ.
ಇತ್ತೀಚಿನ ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲಾಗಿದ್ದರೂ, ಪ್ರಸ್ತುತ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಮಾರ್ಗಸೂಚಿಗಳು ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಶಿಫಾರಸುಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಗೆಡ್ಡೆ-ದುಗ್ಧರಸ ನೋಡ್-ಮೆಟಾಸ್ಟಾಸಿಸ್ ಹಂತ ಮತ್ತು DNA ಅಸಾಮರಸ್ಯ ದುರಸ್ತಿ (MMR) ದೋಷಗಳು ಅಥವಾ ಮೈಕ್ರೋಸ್ಯಾಟಲೈಟ್ ಅಸ್ಥಿರತೆ (MSI) (ಪ್ರಮಾಣಿತ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರ ಪರೀಕ್ಷೆಯ ಜೊತೆಗೆ) ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಿಕೆಯನ್ನು ಮಾತ್ರ ಅವಲಂಬಿಸಿವೆ. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಜೀನೋಮ್ ಅಟ್ಲಾಸ್ (TCGA) ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸಮೂಹ ಮತ್ತು ರೋಗಿಯ ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಆಧಾರಿತ ರೋಗನಿರೋಧಕ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳು, ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಪ್ರೊಫೈಲ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಗೆಡ್ಡೆಯ ಸ್ಟ್ರೋಮಾ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧದ ಕೊರತೆಯನ್ನು ಸಂಶೋಧಕರು ಗಮನಿಸಿದ್ದಾರೆ.

ಸಂಶೋಧನೆ ಮುಂದುವರೆದಂತೆ, ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್, ರೋಗನಿರೋಧಕ, ಸ್ಟ್ರೋಮಲ್ ಅಥವಾ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸ್ವಭಾವ ಸೇರಿದಂತೆ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ವೈದ್ಯಕೀಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳೊಂದಿಗೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ವರದಿಯಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಅವುಗಳ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ರೋಗಿಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಮೇಲೆ ಹೇಗೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತವೆ ಎಂಬುದರ ಬಗ್ಗೆ ಇನ್ನೂ ಸೀಮಿತ ತಿಳುವಳಿಕೆ ಇದೆ.
ಫಿನೋಟೈಪಿಕ್ ಸಂಕೀರ್ಣತೆ ಮತ್ತು ಫಲಿತಾಂಶದ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ವಿಭಜಿಸಲು, ಕತಾರ್‌ನಲ್ಲಿರುವ ಸಿದ್ರಾ ಇನ್‌ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಆಫ್ ಮೆಡಿಕಲ್ ರಿಸರ್ಚ್‌ನ ಸಂಶೋಧಕರ ತಂಡವು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ಮತ್ತು ರೋಗನಿರೋಧಕ ನಿರಾಕರಣೆ ಸ್ಥಿರಾಂಕಗಳನ್ನು (ICR) ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ ಉತ್ತಮ ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆಯ ದರಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ರೋಗಿಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಗುರುತಿಸುವ ಸಮಗ್ರ ಸ್ಕೋರ್ (mICRoScore) ಅನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದೆ ಮತ್ತು ಮೌಲ್ಯೀಕರಿಸಿದೆ. ಈ ತಂಡವು ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಹೊಂದಿರುವ 348 ರೋಗಿಗಳಿಂದ ತಾಜಾ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಮಾದರಿಗಳ ಸಮಗ್ರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಿತು, ಇದರಲ್ಲಿ ಗೆಡ್ಡೆಗಳ RNA ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಅಂಗಾಂಶ, ಸಂಪೂರ್ಣ ಎಕ್ಸೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ, ಆಳವಾದ ಟಿ-ಕೋಶ ಗ್ರಾಹಕ ಮತ್ತು 16S ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ rRNA ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ, ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ನಿರೂಪಿಸಲು ಸಂಪೂರ್ಣ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಪೂರಕವಾಗಿದೆ. ಈ ಅಧ್ಯಯನವನ್ನು ನೇಚರ್ ಮೆಡಿಸಿನ್‌ನಲ್ಲಿ "ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನ ಸಂಯೋಜಿತ ಗೆಡ್ಡೆ, ರೋಗನಿರೋಧಕ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಅಟ್ಲಾಸ್" ಎಂದು ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ.

ನೇಚರ್ ಮೆಡಿಸಿನ್‌ನಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟವಾದ ಲೇಖನ

AC-ICAM ಅವಲೋಕನ

ವ್ಯವಸ್ಥಿತ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯಿಲ್ಲದೆ ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನ ಹಿಸ್ಟೋಲಾಜಿಕ್ ರೋಗನಿರ್ಣಯ ಹೊಂದಿರುವ ರೋಗಿಗಳಿಂದ ಹೊಸದಾಗಿ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಪಕ್ಕದ ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊನ್ ಅಂಗಾಂಶವನ್ನು (ಗೆಡ್ಡೆ-ಸಾಮಾನ್ಯ ಜೋಡಿಗಳು) ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಸಂಶೋಧಕರು ಆರ್ಥೋಗೋನಲ್ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದರು. ಸಂಪೂರ್ಣ-ಎಕ್ಸೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ (WES), RNA-seq ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು ಸೇರ್ಪಡೆ ಮಾನದಂಡಗಳ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಆಧರಿಸಿ, 348 ರೋಗಿಗಳಿಂದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಉಳಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಯಿತು ಮತ್ತು 4.6 ವರ್ಷಗಳ ಸರಾಸರಿ ಅನುಸರಣೆಯೊಂದಿಗೆ ಕೆಳಮುಖ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಸಂಶೋಧನಾ ತಂಡವು ಈ ಸಂಪನ್ಮೂಲವನ್ನು ಸಿದ್ರಾ-LUMC AC-ICAM: ರೋಗನಿರೋಧಕ-ಕ್ಯಾನ್ಸರ್-ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂವಹನಗಳಿಗೆ ನಕ್ಷೆ ಮತ್ತು ಮಾರ್ಗದರ್ಶಿ (ಚಿತ್ರ 1) ಎಂದು ಹೆಸರಿಸಿದೆ.

ಐಸಿಆರ್ ಬಳಸಿ ಆಣ್ವಿಕ ವರ್ಗೀಕರಣ

ನಿರಂತರ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಇಮ್ಯುನೊಸರ್ವಿಲೆನ್ಸ್‌ಗಾಗಿ ಇಮ್ಯೂನ್ ಕಾನ್ಸ್ಟಂಟ್ ಆಫ್ ರಿಜೆಕ್ಷನ್ (ICR) ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಮಾಡ್ಯುಲರ್ ಇಮ್ಯೂನ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿದು, ಸಂಶೋಧನಾ ತಂಡವು ಮೆಲನೋಮ, ಮೂತ್ರಕೋಶ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಮತ್ತು ಸ್ತನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸೇರಿದಂತೆ ವಿವಿಧ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಪ್ರಕಾರಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡ 20-ಜೀನ್ ಪ್ಯಾನೆಲ್ ಆಗಿ ಸಾಂದ್ರೀಕರಿಸುವ ಮೂಲಕ ICR ಅನ್ನು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿಸಿತು. ಸ್ತನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸೇರಿದಂತೆ ವಿವಿಧ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಪ್ರಕಾರಗಳಲ್ಲಿ ICR ಇಮ್ಯುನೊಥೆರಪಿ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯೊಂದಿಗೆ ಸಹ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ.

ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಸಂಶೋಧಕರು AC-ICAM ಸಮೂಹದ ICR ಸಹಿಯನ್ನು ಮೌಲ್ಯೀಕರಿಸಿದರು, ICR ಜೀನ್-ಆಧಾರಿತ ಸಹ-ವರ್ಗೀಕರಣ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಮೂಹವನ್ನು ಮೂರು ಕ್ಲಸ್ಟರ್‌ಗಳು/ರೋಗನಿರೋಧಕ ಉಪವಿಭಾಗಗಳಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಿದರು: ಹೆಚ್ಚಿನ ICR (ಹಾಟ್ ಟ್ಯೂಮರ್‌ಗಳು), ಮಧ್ಯಮ ICR ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ICR (ಶೀತ ಗೆಡ್ಡೆಗಳು) (ಚಿತ್ರ 1b). ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟ್-ಆಧಾರಿತ ವರ್ಗೀಕರಣವಾದ ಒಮ್ಮತದ ಆಣ್ವಿಕ ಉಪವಿಭಾಗಗಳೊಂದಿಗೆ (CMS) ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ರೋಗನಿರೋಧಕ ಪ್ರವೃತ್ತಿಯನ್ನು ಸಂಶೋಧಕರು ನಿರೂಪಿಸಿದರು. CMS ವರ್ಗಗಳಲ್ಲಿ CMS1/ಇಮ್ಯೂನ್, CMS2/ಕ್ಯಾನೋನಿಕಲ್, CMS3/ಮೆಟಾಬಾಲಿಕ್ ಮತ್ತು CMS4/ಮೆಸೆನ್‌ಕೈಮಲ್ ಸೇರಿವೆ. ಎಲ್ಲಾ CMS ಉಪವಿಭಾಗಗಳಲ್ಲಿನ ಕೆಲವು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಕೋಶ ಮಾರ್ಗಗಳೊಂದಿಗೆ ICR ಸ್ಕೋರ್‌ಗಳು ಋಣಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ತೋರಿಸಿದೆ ಮತ್ತು ಇಮ್ಯುನೊಸಪ್ರೆಸಿವ್ ಮತ್ತು ಸ್ಟ್ರೋಮಲ್-ಸಂಬಂಧಿತ ಮಾರ್ಗಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಕಾರಾತ್ಮಕ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು CMS4 ಗೆಡ್ಡೆಗಳಲ್ಲಿ ಮಾತ್ರ ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ.

ಎಲ್ಲಾ CMS ಗಳಲ್ಲಿ, ನೈಸರ್ಗಿಕ ಕೊಲೆಗಾರ (NK) ಕೋಶ ಮತ್ತು T ಕೋಶ ಉಪವಿಭಾಗಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯು ICR ಹೆಚ್ಚಿನ ರೋಗನಿರೋಧಕ ಉಪವಿಭಾಗಗಳಲ್ಲಿ ಅತ್ಯಧಿಕವಾಗಿತ್ತು, ಇತರ ಲ್ಯುಕೋಸೈಟ್ ಉಪವಿಭಾಗಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸದೊಂದಿಗೆ (ಚಿತ್ರ 1c). ICR ರೋಗನಿರೋಧಕ ಉಪವಿಭಾಗಗಳು ವಿಭಿನ್ನ OS ಮತ್ತು PFS ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದವು, ICR ನಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆಯಿಂದ ಹೆಚ್ಚಿನದಕ್ಕೆ ಪ್ರಗತಿಶೀಲ ಹೆಚ್ಚಳದೊಂದಿಗೆ (ಚಿತ್ರ 1d), ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನಲ್ಲಿ ICR ನ ಮುನ್ನರಿವಿನ ಪಾತ್ರವನ್ನು ಮೌಲ್ಯೀಕರಿಸುತ್ತದೆ.

ಚಿತ್ರ 1. AC-ICAM ಅಧ್ಯಯನ ವಿನ್ಯಾಸ, ರೋಗನಿರೋಧಕ-ಸಂಬಂಧಿತ ಜೀನ್ ಸಹಿ, ರೋಗನಿರೋಧಕ ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಉಪವಿಧಗಳು ಮತ್ತು ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆ.
ಐಸಿಆರ್ ಗೆಡ್ಡೆ-ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ, ಕ್ಲೋನಲಿ ವರ್ಧಿತ ಟಿ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತದೆ.
ಗೆಡ್ಡೆಯ ಅಂಗಾಂಶಕ್ಕೆ ನುಸುಳುವ ಕೆಲವೇ ಕೆಲವು ಟಿ ಕೋಶಗಳು ಮಾತ್ರ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಪ್ರತಿಜನಕಗಳಿಗೆ (10% ಕ್ಕಿಂತ ಕಡಿಮೆ) ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿವೆ ಎಂದು ವರದಿಯಾಗಿದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಇಂಟ್ರಾ-ಟ್ಯೂಮರ್ ಟಿ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಬೈಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ ಟಿ ಕೋಶಗಳು (ಬೈಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ ಟಿ ಕೋಶಗಳು) ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಉತ್ಪಾದಕ ಟಿಸಿಆರ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ಟಿ ಕೋಶಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯೊಂದಿಗೆ ಬಲವಾದ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಸ್ಟ್ರೋಮಲ್ ಕೋಶ ಮತ್ತು ಲ್ಯುಕೋಸೈಟ್ ಉಪ-ಜನಸಂಖ್ಯೆಗಳಲ್ಲಿ (ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ-ಸೆಕ್‌ನಿಂದ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲಾಗಿದೆ) ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದನ್ನು ಟಿ ಕೋಶ ಉಪ-ಜನಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಬಳಸಬಹುದು (ಚಿತ್ರ 2 ಎ). ಐಸಿಆರ್ ಕ್ಲಸ್ಟರ್‌ಗಳಲ್ಲಿ (ಒಟ್ಟಾರೆ ಮತ್ತು ಸಿಎಮ್‌ಎಸ್ ವರ್ಗೀಕರಣ), ಐಸಿಆರ್-ಹೈ ಮತ್ತು ಸಿಎಮ್‌ಎಸ್ ಸಬ್‌ಟೈಪ್ ಸಿಎಮ್‌ಎಸ್ 1 / ಇಮ್ಯೂನ್ ಗುಂಪುಗಳಲ್ಲಿ (ಚಿತ್ರ 2 ಸಿ) ರೋಗನಿರೋಧಕ ಎಸ್‌ಇಕ್ಯೂ ಟಿಸಿಆರ್‌ಗಳ ಅತ್ಯಧಿಕ ಕ್ಲೋನಿಲಿಟಿಯನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಐಸಿಆರ್-ಹೈ ಗೆಡ್ಡೆಗಳ ಅತ್ಯಧಿಕ ಪ್ರಮಾಣವಿದೆ. ಸಂಪೂರ್ಣ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟ್ (18,270 ಜೀನ್‌ಗಳು) ಬಳಸಿ, ಆರು ಐಸಿಆರ್ ಜೀನ್‌ಗಳು (ಐಎಫ್‌ಎನ್‌ಜಿ, ಎಸ್‌ಟಿಎಟಿ1, ಐಆರ್‌ಎಫ್1, ಸಿಸಿಎಲ್5, ಜಿಝಡ್‌ಎಂಎ, ಮತ್ತು ಸಿಎಕ್ಸ್‌ಸಿಎಲ್10) ಟಿಸಿಆರ್ ಇಮ್ಯೂನ್ ಎಸ್‌ಇಕ್ಯೂ ಕ್ಲೋನಾಲಿಟಿಯೊಂದಿಗೆ ಸಕಾರಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿರುವ ಟಾಪ್ ಹತ್ತು ಜೀನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಸೇರಿವೆ (ಚಿತ್ರ 2ಡಿ). ಇಮ್ಯುನೊಎಸ್‌ಇಕ್ಯೂ ಟಿಸಿಆರ್ ಕ್ಲೋನಾಲಿಟಿಯು ಟ್ಯೂಮರ್-ರೆಸ್ಪಾನ್ಸಿವ್ ಸಿಡಿ8+ ಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಗಮನಿಸಿದ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಐಸಿಆರ್ ಜೀನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಬಲವಾಗಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದೆ (ಚಿತ್ರ 2ಎಫ್ ಮತ್ತು 2ಜಿ). ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, ಮೇಲಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಐಸಿಆರ್ ಸಹಿ ಗೆಡ್ಡೆ-ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ, ಕ್ಲೋನಲಿ ವರ್ಧಿತ ಟಿ ಕೋಶಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅದರ ಮುನ್ನರಿವಿನ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.

ಚಿತ್ರ 2. TCR ಮೆಟ್ರಿಕ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ರೋಗನಿರೋಧಕ-ಸಂಬಂಧಿತ ಜೀನ್‌ಗಳು, ರೋಗನಿರೋಧಕ ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಉಪವಿಭಾಗಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ.
ಆರೋಗ್ಯಕರ ಮತ್ತು ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆ.
ಸಂಶೋಧಕರು 246 ರೋಗಿಗಳಿಂದ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಾದ ಗೆಡ್ಡೆ ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊನ್ ಅಂಗಾಂಶದಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ಡಿಎನ್‌ಎ ಬಳಸಿ 16S ​​rRNA ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ನಡೆಸಿದರು (ಚಿತ್ರ 3a). ಮೌಲ್ಯೀಕರಣಕ್ಕಾಗಿ, ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಸಾಮಾನ್ಯ ಡಿಎನ್‌ಎಗೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗದ ಹೆಚ್ಚುವರಿ 42 ಗೆಡ್ಡೆಯ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ 16S rRNA ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾವನ್ನು ಸಂಶೋಧಕರು ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಿದರು. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಸಂಶೋಧಕರು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಾದ ಗೆಡ್ಡೆಗಳು ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊನ್ ಅಂಗಾಂಶಗಳ ನಡುವಿನ ಸಸ್ಯವರ್ಗದ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಹೋಲಿಸಿದರು. ಆರೋಗ್ಯಕರ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಗೆಡ್ಡೆಗಳಲ್ಲಿ ಕ್ಲೋಸ್ಟ್ರಿಡಿಯಮ್ ಪರ್ಫ್ರಿಂಗೆನ್ಸ್ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 3a-3d). ಗೆಡ್ಡೆ ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವೆ ಆಲ್ಫಾ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯಲ್ಲಿ (ಒಂದೇ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಜಾತಿಗಳ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಸಮೃದ್ಧಿ) ಯಾವುದೇ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸವಿರಲಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ICR-ಕಡಿಮೆ ಗೆಡ್ಡೆಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ICR-ಹೆಚ್ಚಿನ ಗೆಡ್ಡೆಗಳಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯಲ್ಲಿ ಸಾಧಾರಣ ಕಡಿತ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ.
ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಪ್ರೊಫೈಲ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ವೈದ್ಯಕೀಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ನಡುವಿನ ವೈದ್ಯಕೀಯವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿತ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು, ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಊಹಿಸುವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು 16S rRNA ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾವನ್ನು ಬಳಸುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಸಂಶೋಧಕರು ಹೊಂದಿದ್ದರು. AC-ICAM246 ನಲ್ಲಿ, ಸಂಶೋಧಕರು OS ಕಾಕ್ಸ್ ರಿಗ್ರೆಷನ್ ಮಾದರಿಯನ್ನು ನಡೆಸಿದರು, ಅದು MBR ವರ್ಗೀಕರಣಕಾರಕಗಳು (ಚಿತ್ರ 3f) ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಶೂನ್ಯವಲ್ಲದ ಗುಣಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ (ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಮರಣ ಅಪಾಯದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ) 41 ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿತು.
ಈ ತರಬೇತಿ ಸಮೂಹದಲ್ಲಿ (ICAM246), ಕಡಿಮೆ MBR ಸ್ಕೋರ್ (MBR<0, ಕಡಿಮೆ MBR) ಸಾವಿನ ಅಪಾಯವು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಕಡಿಮೆಯಾಗಿದೆ (85%). ಎರಡು ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಮೌಲ್ಯೀಕರಿಸಿದ ಸಮೂಹಗಳಲ್ಲಿ (ICAM42 ಮತ್ತು TCGA-COAD) ಕಡಿಮೆ MBR (ಅಪಾಯ) ಮತ್ತು ದೀರ್ಘಕಾಲದ OS ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಸಂಶೋಧಕರು ದೃಢಪಡಿಸಿದರು. (ಚಿತ್ರ 3) ಗೆಡ್ಡೆ ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊನ್ ಅಂಗಾಂಶದಲ್ಲಿ ಹೋಲುವ ಎಂಡೋಗ್ಯಾಸ್ಟ್ರಿಕ್ ಕೋಕಿ ಮತ್ತು MBR ಸ್ಕೋರ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ಬಲವಾದ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಅಧ್ಯಯನವು ತೋರಿಸಿದೆ.

ಚಿತ್ರ 3. ಗೆಡ್ಡೆ ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಮತ್ತು ICR ಮತ್ತು ರೋಗಿಯ ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆಯೊಂದಿಗಿನ ಸಂಬಂಧ.
ತೀರ್ಮಾನ
ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾದ ಮಲ್ಟಿ-ಓಮಿಕ್ಸ್ ವಿಧಾನವು ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯ ಆಣ್ವಿಕ ಸಹಿಯ ಸಂಪೂರ್ಣ ಪತ್ತೆ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಗೆಡ್ಡೆ ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಅಂಗಾಂಶಗಳ ಆಳವಾದ TCR ಅನುಕ್ರಮವು ICR ನ ಮುನ್ನರಿವಿನ ಪರಿಣಾಮವು ಗೆಡ್ಡೆ-ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ ಮತ್ತು ಬಹುಶಃ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಪ್ರತಿಜನಕ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ T ಕೋಶ ತದ್ರೂಪುಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದಿಂದಾಗಿರಬಹುದು ಎಂದು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದೆ.

AC-ICAM ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ 16S ​​rRNA ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಗೆಡ್ಡೆಯ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವ ಮೂಲಕ, ತಂಡವು ಬಲವಾದ ಮುನ್ನರಿವು ಮೌಲ್ಯದೊಂದಿಗೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಹಿಯನ್ನು (MBR ಅಪಾಯದ ಸ್ಕೋರ್) ಗುರುತಿಸಿದೆ. ಈ ಸಹಿಯನ್ನು ಗೆಡ್ಡೆಯ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದ್ದರೂ, ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಮ್ ಮತ್ತು ಗೆಡ್ಡೆಯ MBR ಅಪಾಯದ ಸ್ಕೋರ್ ನಡುವೆ ಬಲವಾದ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವಿತ್ತು, ಈ ಸಹಿ ರೋಗಿಗಳ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ICR ಮತ್ತು MBR ಸ್ಕೋರ್‌ಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಊಹಿಸುವ ಬಹು-ಓಮಿಕ್ ವಿದ್ಯಾರ್ಥಿ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಮತ್ತು ಮೌಲ್ಯೀಕರಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು. ಅಧ್ಯಯನದ ಮಲ್ಟಿ-ಓಮಿಕ್ ಡೇಟಾಸೆಟ್ ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರವನ್ನು ಚೆನ್ನಾಗಿ ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಮತ್ತು ವೈಯಕ್ತಿಕಗೊಳಿಸಿದ ಚಿಕಿತ್ಸಕ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡಲು ಸಂಪನ್ಮೂಲವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.

ಉಲ್ಲೇಖ:
ರೋಲ್ಯಾಂಡ್ಸ್, ಜೆ., ಕುಪ್ಪೆನ್, ಪಿಜೆಕೆ, ಅಹ್ಮದ್, ಇಐ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಒಂದು ಸಂಯೋಜಿತ ಗೆಡ್ಡೆ, ರೋಗನಿರೋಧಕ ಮತ್ತು ಕರುಳಿನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಅಟ್ಲಾಸ್. ನ್ಯಾಟ್ ಮೆಡ್ 29, 1273–1286 (2023).