ನ್ಯಾಟ್ ಮೆಡ್ | ಇಂಟಿಗ್ರೇಟೆಡ್ ಟ್ಯೂಮರ್ ಅನ್ನು ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮಾಡಲು ಬಹು-ಓಮಿಕ್ಸ್ ವಿಧಾನ

ನ್ಯಾಟ್ ಮೆಡ್ | ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನ ಸಂಯೋಜಿತ ಗೆಡ್ಡೆ, ರೋಗನಿರೋಧಕ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಭೂದೃಶ್ಯವನ್ನು ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮಾಡುವ ಬಹು-ಓಮಿಕ್ಸ್ ವಿಧಾನವು ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯೊಂದಿಗಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ.
ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು ಇತ್ತೀಚಿನ ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲಾಗಿದ್ದರೂ, ಪ್ರಸ್ತುತ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಮಾರ್ಗಸೂಚಿಗಳು ಗೆಡ್ಡೆ-ದುಗ್ಧರಸ ಗ್ರಂಥಿ-ಮೆಟಾಸ್ಟಾಸಿಸ್ ಸ್ಟೇಜಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಡಿಎನ್‌ಎ ಅಸಾಮರಸ್ಯ ದುರಸ್ತಿ (MMR) ದೋಷಗಳು ಅಥವಾ ಮೈಕ್ರೋಸ್ಯಾಟಲೈಟ್ ಅಸ್ಥಿರತೆ (MSI) (ಪ್ರಮಾಣಿತ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರ ಪರೀಕ್ಷೆಗೆ ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ) ಅನ್ನು ಮಾತ್ರ ಅವಲಂಬಿಸಿವೆ. ) ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಶಿಫಾರಸುಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಜಿನೋಮ್ ಅಟ್ಲಾಸ್ (TCGA) ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸಮೂಹ ಮತ್ತು ರೋಗಿಯ ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ-ಆಧಾರಿತ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳು, ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಪ್ರೊಫೈಲ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಟ್ಯೂಮರ್ ಸ್ಟ್ರೋಮಾ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧದ ಕೊರತೆಯನ್ನು ಸಂಶೋಧಕರು ಗಮನಿಸಿದ್ದಾರೆ.

ಸಂಶೋಧನೆಯು ಮುಂದುವರೆದಂತೆ, ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್, ರೋಗನಿರೋಧಕ, ಸ್ಟ್ರೋಮಲ್ ಅಥವಾ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸ್ವಭಾವವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ನ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಫಲಿತಾಂಶಗಳೊಂದಿಗೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ವರದಿಯಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಅವರ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ರೋಗಿಗಳ ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಮೇಲೆ ಹೇಗೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತವೆ ಎಂಬುದರ ಬಗ್ಗೆ ಇನ್ನೂ ಸೀಮಿತ ತಿಳುವಳಿಕೆ ಇದೆ. .
ಫಿನೋಟೈಪಿಕ್ ಸಂಕೀರ್ಣತೆ ಮತ್ತು ಫಲಿತಾಂಶದ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ವಿಭಜಿಸಲು, ಕತಾರ್‌ನ ಸಿದ್ರಾ ಇನ್‌ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಆಫ್ ಮೆಡಿಕಲ್ ರಿಸರ್ಚ್‌ನ ಸಂಶೋಧಕರ ತಂಡವು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ ಮತ್ತು ಮೌಲ್ಯೀಕರಿಸಿದ ಸಮಗ್ರ ಸ್ಕೋರ್ (mICRoScore) ಇದು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ನಿರಾಕರಣೆಯನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ ಉತ್ತಮ ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆಯ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ರೋಗಿಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ. ಸ್ಥಿರಾಂಕಗಳು (ICR). ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಹೊಂದಿರುವ 348 ರೋಗಿಗಳ ತಾಜಾ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಮಾದರಿಗಳ ಸಮಗ್ರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ತಂಡವು ನಡೆಸಿತು, ಇದರಲ್ಲಿ ಗೆಡ್ಡೆಗಳ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಅಂಗಾಂಶ, ಸಂಪೂರ್ಣ ಎಕ್ಸೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್, ಡೀಪ್ ಟಿ-ಸೆಲ್ ರಿಸೆಪ್ಟರ್ ಮತ್ತು 16 ಎಸ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಆರ್‌ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಜೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್, ಸಂಪೂರ್ಣ ಟ್ಯೂಮರ್‌ನಿಂದ ಪೂರಕವಾಗಿದೆ. ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ನಿರೂಪಿಸಲು ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ. ಅಧ್ಯಯನವನ್ನು ನೇಚರ್ ಮೆಡಿಸಿನ್‌ನಲ್ಲಿ "ಒಂದು ಇಂಟಿಗ್ರೇಟೆಡ್ ಟ್ಯೂಮರ್, ಇಮ್ಯೂನ್ ಅಂಡ್ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ ಅಟ್ಲಾಸ್ ಆಫ್ ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್" ಎಂದು ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ.

ನೇಚರ್ ಮೆಡಿಸಿನ್‌ನಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟವಾದ ಲೇಖನ

AC-ICAM ಅವಲೋಕನ

ಸಂಶೋಧಕರು ತಾಜಾ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಆರ್ಥೋಗೋನಲ್ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದರು ಮತ್ತು ವ್ಯವಸ್ಥಿತ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯಿಲ್ಲದೆ ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನ ಹಿಸ್ಟೋಲಾಜಿಕ್ ರೋಗನಿರ್ಣಯವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ರೋಗಿಗಳಿಂದ ಪಕ್ಕದ ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊನ್ ಅಂಗಾಂಶವನ್ನು (ಗೆಡ್ಡೆ-ಸಾಮಾನ್ಯ ಜೋಡಿಗಳು) ಹೊಂದಾಣಿಕೆ ಮಾಡಿದರು. ಸಂಪೂರ್ಣ-ಎಕ್ಸೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (WES), RNA-seq ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು ಸೇರ್ಪಡೆ ಮಾನದಂಡಗಳ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಆಧರಿಸಿ, 348 ರೋಗಿಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಉಳಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು 4.6 ವರ್ಷಗಳ ಸರಾಸರಿ ಅನುಸರಣೆಯೊಂದಿಗೆ ಡೌನ್‌ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಂಶೋಧನಾ ತಂಡವು ಈ ಸಂಪನ್ಮೂಲವನ್ನು ಸಿದ್ರಾ-LUMC AC-ICAM ಎಂದು ಹೆಸರಿಸಿದೆ: ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ-ಕ್ಯಾನ್ಸರ್-ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ನಕ್ಷೆ ಮತ್ತು ಮಾರ್ಗದರ್ಶಿ (ಚಿತ್ರ 1).

ICR ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಆಣ್ವಿಕ ವರ್ಗೀಕರಣ

ನಿರಂತರ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಇಮ್ಯುನೊಸರ್ವೇಲೆನ್ಸ್‌ಗಾಗಿ ಮಾಡ್ಯುಲರ್ ಸೆಟ್ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವುದು, ಇದನ್ನು ಇಮ್ಯೂನ್ ಕಾನ್ಸ್ಟಂಟ್ ಆಫ್ ರಿಜೆಕ್ಷನ್ (ICR) ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಮೆಲನೋಮ, ಗಾಳಿಗುಳ್ಳೆಯ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಮತ್ತು ಸೇರಿದಂತೆ ವಿವಿಧ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಪ್ರಕಾರಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡ 20-ಜೀನ್ ಪ್ಯಾನೆಲ್‌ಗೆ ಘನೀಕರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಸಂಶೋಧನಾ ತಂಡವು ICR ಅನ್ನು ಆಪ್ಟಿಮೈಸ್ ಮಾಡಿದೆ. ಸ್ತನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್. ಸ್ತನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸೇರಿದಂತೆ ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಪ್ರಕಾರಗಳಲ್ಲಿ ಇಮ್ಯುನೊಥೆರಪಿ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯೊಂದಿಗೆ ICR ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ.

ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಸಂಶೋಧಕರು AC-ICAM ಸಮೂಹದ ICR ಸಹಿಯನ್ನು ಮೌಲ್ಯೀಕರಿಸಿದರು, ICR ಜೀನ್-ಆಧಾರಿತ ಸಹ-ವರ್ಗೀಕರಣ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಮಂಜಸವನ್ನು ಮೂರು ಕ್ಲಸ್ಟರ್‌ಗಳು/ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಉಪವಿಭಾಗಗಳಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಿದರು: ಹೆಚ್ಚಿನ ICR (ಬಿಸಿ ಗೆಡ್ಡೆಗಳು), ಮಧ್ಯಮ ICR ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ICR (ಶೀತ ಗೆಡ್ಡೆಗಳು) (ಚಿತ್ರ 1 ಬಿ). ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನ ಪ್ರತಿಲೇಖನ-ಆಧಾರಿತ ವರ್ಗೀಕರಣವಾದ ಒಮ್ಮತದ ಆಣ್ವಿಕ ಉಪವಿಧಗಳೊಂದಿಗೆ (CMS) ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಪ್ರವೃತ್ತಿಯನ್ನು ಸಂಶೋಧಕರು ನಿರೂಪಿಸಿದ್ದಾರೆ. CMS ವಿಭಾಗಗಳು CMS1/ಇಮ್ಯೂನ್, CMS2/ಕ್ಯಾನೋನಿಕಲ್, CMS3/ಮೆಟಬಾಲಿಕ್ ಮತ್ತು CMS4/ಮೆಸೆನ್ಕೈಮಲ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆ. ICR ಸ್ಕೋರ್‌ಗಳು ಎಲ್ಲಾ CMS ಉಪವಿಭಾಗಗಳಲ್ಲಿ ಕೆಲವು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಕೋಶದ ಮಾರ್ಗಗಳೊಂದಿಗೆ ಋಣಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ತೋರಿಸಿದೆ ಮತ್ತು CMS4 ಗೆಡ್ಡೆಗಳಲ್ಲಿ ಮಾತ್ರ ರೋಗನಿರೋಧಕ ಮತ್ತು ಸ್ಟ್ರೋಮಲ್-ಸಂಬಂಧಿತ ಮಾರ್ಗಗಳೊಂದಿಗೆ ಧನಾತ್ಮಕ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ.

ಎಲ್ಲಾ CMS ನಲ್ಲಿ, ನೈಸರ್ಗಿಕ ಕೊಲೆಗಾರ (NK) ಕೋಶ ಮತ್ತು T ಜೀವಕೋಶದ ಉಪವಿಭಾಗಗಳ ಸಮೃದ್ಧತೆಯು ICR ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಉಪವಿಭಾಗಗಳಲ್ಲಿ ಅತ್ಯಧಿಕವಾಗಿದೆ, ಇತರ ಲ್ಯುಕೋಸೈಟ್ ಉಪವಿಭಾಗಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸವಿದೆ (ಚಿತ್ರ 1c).ICR ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಉಪವಿಭಾಗಗಳು ವಿಭಿನ್ನ OS ಮತ್ತು PFS ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು, ಪ್ರಗತಿಶೀಲ ಹೆಚ್ಚಳದೊಂದಿಗೆ ICR ನಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆಯಿಂದ ಹೆಚ್ಚಿನವರೆಗೆ (ಚಿತ್ರ 1d), ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನಲ್ಲಿ ICR ನ ಪೂರ್ವಭಾವಿ ಪಾತ್ರವನ್ನು ಮೌಲ್ಯೀಕರಿಸುತ್ತದೆ.

ಚಿತ್ರ 1. AC-ICAM ಅಧ್ಯಯನ ವಿನ್ಯಾಸ, ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ-ಸಂಬಂಧಿತ ಜೀನ್ ಸಹಿ, ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಉಪವಿಧಗಳು ಮತ್ತು ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆ.
ICR ಟ್ಯೂಮರ್-ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ, ಕ್ಲೋನಲಿ ವರ್ಧಿತ T ಜೀವಕೋಶಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತದೆ
ಗೆಡ್ಡೆಯ ಅಂಗಾಂಶಕ್ಕೆ ಒಳನುಸುಳುವ ಟಿ ಕೋಶಗಳ ಅಲ್ಪಸಂಖ್ಯಾತರು ಮಾತ್ರ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಪ್ರತಿಜನಕಗಳಿಗೆ (10% ಕ್ಕಿಂತ ಕಡಿಮೆ) ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿದೆ ಎಂದು ವರದಿಯಾಗಿದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಇಂಟ್ರಾ-ಟ್ಯೂಮರ್ ಟಿ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಬೈಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ ಟಿ ಕೋಶಗಳು (ಬೈಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ ಟಿ ಕೋಶಗಳು) ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಉತ್ಪಾದಕ TCRಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ T ಕೋಶಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಬಲವಾದ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಸ್ಟ್ರೋಮಲ್ ಕೋಶ ಮತ್ತು ಲ್ಯುಕೋಸೈಟ್ ಉಪ-ಜನಸಂಖ್ಯೆಯಲ್ಲಿ ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ (RNA-seq ನಿಂದ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲಾಗಿದೆ), ಇದನ್ನು T ಜೀವಕೋಶದ ಉಪ-ಜನಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಬಳಸಬಹುದು (ಚಿತ್ರ 2a). ICR ಕ್ಲಸ್ಟರ್‌ಗಳಲ್ಲಿ (ಒಟ್ಟಾರೆ ಮತ್ತು CMS ವರ್ಗೀಕರಣ), ICR-ಹೈ ಮತ್ತು CMS ಉಪವಿಧದ CMS1/ಇಮ್ಯೂನ್ ಗುಂಪುಗಳಲ್ಲಿ (ಚಿತ್ರ 2c) ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ SEQ TCR ಗಳ ಅತ್ಯಧಿಕ ಕ್ಲೋನಲಿಟಿಯನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ, ICR-ಹೈ ಟ್ಯೂಮರ್‌ಗಳ ಅತ್ಯಧಿಕ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ. ಸಂಪೂರ್ಣ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು (18,270 ಜೀನ್‌ಗಳು) ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಆರು ICR ಜೀನ್‌ಗಳು (IFNG, STAT1, IRF1, CCL5, GZMA, ಮತ್ತು CXCL10) TCR ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ SEQ ಕ್ಲೋನಾಲಿಟಿಯೊಂದಿಗೆ ಧನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿರುವ ಮೊದಲ ಹತ್ತು ಜೀನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಸೇರಿವೆ (ಚಿತ್ರ 2d). ImmunoSEQ TCR ಕ್ಲೋನಾಲಿಟಿಯು ಟ್ಯೂಮರ್-ರೆಸ್ಪಾನ್ಸಿವ್ CD8+ ಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು (ಚಿತ್ರ 2f ಮತ್ತು 2g) ಬಳಸಿ ಗಮನಿಸಿದ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ICR ಜೀನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಬಲವಾಗಿ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದೆ. ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, ಮೇಲಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ICR ಸಹಿಯು ಗೆಡ್ಡೆ-ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ, ಕ್ಲೋನಲ್ ಆಗಿ ವರ್ಧಿತ T ಜೀವಕೋಶಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅದರ ಪೂರ್ವಸೂಚಕ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.

ಚಿತ್ರ 2. TCR ಮೆಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಸಂಬಂಧಿತ ಜೀನ್‌ಗಳು, ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಉಪವಿಧಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ.
ಆರೋಗ್ಯಕರ ಮತ್ತು ಕರುಳಿನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ ಸಂಯೋಜನೆ
ಸಂಶೋಧಕರು 246 ರೋಗಿಗಳಿಂದ (ಚಿತ್ರ 3a) ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಗೆಡ್ಡೆ ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊನ್ ಅಂಗಾಂಶದಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ DNA ಬಳಸಿಕೊಂಡು 16S rRNA ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ನಡೆಸಿದರು. ಊರ್ಜಿತಗೊಳಿಸುವಿಕೆಗಾಗಿ, ಸಂಶೋಧಕರು ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ 16S ​​rRNA ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಹೆಚ್ಚುವರಿ 42 ಟ್ಯೂಮರ್ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಿದ್ದಾರೆ, ಅದು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಸಾಮಾನ್ಯ DNAಗೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗಲಿಲ್ಲ. ಮೊದಲಿಗೆ, ಸಂಶೋಧಕರು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಗೆಡ್ಡೆಗಳು ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊನ್ ಅಂಗಾಂಶಗಳ ನಡುವಿನ ಸಸ್ಯವರ್ಗದ ತುಲನಾತ್ಮಕ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಹೋಲಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಆರೋಗ್ಯಕರ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಗೆಡ್ಡೆಗಳಲ್ಲಿ ಕ್ಲೋಸ್ಟ್ರಿಡಿಯಮ್ ಪರ್ಫ್ರಿಂಗನ್ಸ್ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 3a-3d). ಗೆಡ್ಡೆ ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವೆ ಆಲ್ಫಾ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯಲ್ಲಿ (ಒಂದೇ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಜಾತಿಗಳ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಸಮೃದ್ಧಿ) ಯಾವುದೇ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸವಿಲ್ಲ, ಮತ್ತು ICR-ಕಡಿಮೆ ಗೆಡ್ಡೆಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ICR-ಹೆಚ್ಚಿನ ಗೆಡ್ಡೆಗಳಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಸಾಧಾರಣ ಕಡಿತವನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಪ್ರೊಫೈಲ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ನಡುವಿನ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿತ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು, ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಊಹಿಸುವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಂಶೋಧಕರು 16S rRNA ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾವನ್ನು ಬಳಸುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದಾರೆ. AC-ICAM246 ನಲ್ಲಿ, ಸಂಶೋಧಕರು 41 ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಶೂನ್ಯವಲ್ಲದ ಗುಣಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ (ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಮರಣದ ಅಪಾಯದೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ) MBR ವರ್ಗೀಕರಣಗಳು (ಚಿತ್ರ 3f) ಎಂದು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿದ OS ಕಾಕ್ಸ್ ರಿಗ್ರೆಷನ್ ಮಾದರಿಯನ್ನು ನಡೆಸುತ್ತಿದ್ದರು.
ಈ ತರಬೇತಿ ಸಮೂಹದಲ್ಲಿ (ICAM246), ಕಡಿಮೆ MBR ಸ್ಕೋರ್ (MBR<0, ಕಡಿಮೆ MBR) ಸಾವಿನ ಗಮನಾರ್ಹ ಕಡಿಮೆ ಅಪಾಯದೊಂದಿಗೆ (85%) ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ. ಸಂಶೋಧಕರು ಕಡಿಮೆ MBR (ಅಪಾಯ) ಮತ್ತು ದೀರ್ಘಾವಧಿಯ OS ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಎರಡು ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಮೌಲ್ಯೀಕರಿಸಿದ ಸಮೂಹಗಳಲ್ಲಿ (ICAM42 ಮತ್ತು TCGA-COAD) ದೃಢಪಡಿಸಿದರು. (ಚಿತ್ರ 3) ಅಧ್ಯಯನವು ಎಂಡೋಗ್ಯಾಸ್ಟ್ರಿಕ್ ಕೋಕಿ ಮತ್ತು MBR ಸ್ಕೋರ್‌ಗಳ ನಡುವೆ ಬಲವಾದ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ತೋರಿಸಿದೆ, ಇದು ಗೆಡ್ಡೆ ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊನ್ ಅಂಗಾಂಶದಲ್ಲಿ ಹೋಲುತ್ತದೆ.

ಚಿತ್ರ 3. ಗೆಡ್ಡೆ ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ ಮತ್ತು ICR ಮತ್ತು ರೋಗಿಯ ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆಯೊಂದಿಗಿನ ಸಂಬಂಧ.
ತೀರ್ಮಾನ
ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾದ ಮಲ್ಟಿ-ಓಮಿಕ್ಸ್ ವಿಧಾನವು ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನಲ್ಲಿನ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯ ಆಣ್ವಿಕ ಸಹಿಯ ಸಂಪೂರ್ಣ ಪತ್ತೆ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಶಕ್ತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಗೆಡ್ಡೆ ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಅಂಗಾಂಶಗಳ ಆಳವಾದ TCR ಅನುಕ್ರಮವು ICR ನ ಪೂರ್ವಸೂಚಕ ಪರಿಣಾಮವು ಗೆಡ್ಡೆ-ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ ಮತ್ತು ಪ್ರಾಯಶಃ ಟ್ಯೂಮರ್ ಪ್ರತಿಜನಕ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ T ಸೆಲ್ ಕ್ಲೋನ್‌ಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿರಬಹುದು ಎಂದು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು.

AC-ICAM ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ 16S ​​rRNA ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಟ್ಯೂಮರ್ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವ ಮೂಲಕ, ತಂಡವು ಪ್ರಬಲವಾದ ಪೂರ್ವಸೂಚಕ ಮೌಲ್ಯದೊಂದಿಗೆ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ ಸಹಿಯನ್ನು (MBR ರಿಸ್ಕ್ ಸ್ಕೋರ್) ಗುರುತಿಸಿದೆ. ಈ ಸಹಿಯನ್ನು ಗೆಡ್ಡೆಯ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆಯಾದರೂ, ಆರೋಗ್ಯಕರ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಮ್ ಮತ್ತು ಟ್ಯೂಮರ್ MBR ಅಪಾಯದ ಅಂಕಗಳ ನಡುವೆ ಬಲವಾದ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವಿತ್ತು, ಈ ಸಹಿಯು ರೋಗಿಗಳ ಕರುಳಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ICR ಮತ್ತು MBR ಅಂಕಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಕರುಳಿನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಮುನ್ಸೂಚಿಸುವ ಬಹು-ಓಮಿಕ್ ವಿದ್ಯಾರ್ಥಿ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಮತ್ತು ಮೌಲ್ಯೀಕರಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು. ಅಧ್ಯಯನದ ಬಹು-ಓಮಿಕ್ ಡೇಟಾಸೆಟ್ ಕೊಲೊನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರವನ್ನು ಚೆನ್ನಾಗಿ ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಮತ್ತು ವೈಯಕ್ತಿಕಗೊಳಿಸಿದ ಚಿಕಿತ್ಸಕ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡಲು ಸಂಪನ್ಮೂಲವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.

ಉಲ್ಲೇಖ:
ರೋಲ್ಯಾಂಡ್ಸ್, ಜೆ., ಕುಪ್ಪೆನ್, ಪಿಜೆಕೆ, ಅಹ್ಮದ್, ಇಐ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಒಂದು ಸಂಯೋಜಿತ ಗೆಡ್ಡೆ, ರೋಗನಿರೋಧಕ ಮತ್ತು ಕರುಳಿನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಅಟ್ಲಾಸ್. ನ್ಯಾಟ್ ಮೆಡ್ 29, 1273–1286 (2023).